一艘小型飞船迫降在开普勒-22b号行星上。这是个荒凉的星球，地表早已没有生物，只有一个个深不见底的巨型蛇坑证明这里也曾是个生机勃勃的世界。飞船在惯性作用下，急速滑行，堪堪停在蛇坑边缘。在飞船坠入蛇坑前，一对夫妇拎着装备，从容冷静的走了出来。
他们并非人类，而是仿生机器人，一个叫“父亲”，一个叫“母亲”。在地球已被无神论者和密特拉教派的战争摧残得不再适宜居住时，创造者把他们送到这里，为的是建造一个新的无神论国度。父亲和母亲带来了必要的装备和六个人类胚胎，在半球型居住舱里，母亲用自身能量培育着营养液中的胚胎。作为服务型机器人，父亲尽心照顾母亲的同时，还在居住舱外种植当地碳水果，建造谷仓储存收成，为将来的生活做准备。
九个月后，胚胎已成形，父亲兴奋的将他们一个个从培养器中取出，放入养育箱。最后一个取出时没有气息，按流程应当分解成营养液养育其他婴儿。母亲心中不忍，含泪将他抱入怀中，用特有的低吟为孩子送别。也许是感受到了母爱，第六个婴儿开始啼哭。这简直是个奇迹，父亲和母亲决定用“坎皮恩”为他命名，意为冠军。
斗转星移，居住舱已安置不下所有人。父亲便倚着山石修建房屋，种植更多碳水果。生活很艰辛，父亲母亲从不抱怨，确保孩子们过得开心快乐，直到不幸失去第一个孩子。未来无法预见，连机器人也不行。自从塔莉在蛇坑附近失踪后，父亲母亲就编造出巨蟒这种生物，不许孩子们远离住所。可孩子们仍相继生病夭折，仅坎皮恩活了下来。每当看到小伙伴逝去，坎皮恩就觉得心痛难忍，需要某种信念安慰心灵，那却正是笃信科学的母亲不允许的。
科技没能拯救孩子们的生命，父亲失望的望向夜空。在那里，一架方舟飞船绕着开普勒-22b的近地轨道飞行。那是密特拉教派的方舟，因为教义中禁止机器人抚养人类，所以他们只能驾驶着载有休眠舱的飞船，比父亲母亲晚了12年才抵达这个距离地球最近的宜居行星。
多年的风吹日晒，机器人也难以承受，母亲出现了故障征兆。一旦无人照顾，坎皮恩能不能生存下去，这是父亲最担心的。为了保护坎皮恩，父亲决定不惜任何代价，即便求助的对象是敌人。方舟里是仅存的人类，坎皮恩可以假装皈依他们的宗教，与同类一起开发这片星球。
父亲瞒着母亲，想开启蛇坑里小型飞船的定位信号。可母亲还是察觉到了，转瞬之间，母亲就像变了个人，不再是和善温柔的服务机器人。她变得极具攻击型，把父亲打倒在地，硬生生从体内拔出处理器。而坎皮恩不相信所谓父亲停止运转，电池释放出辐射，被丢进蛇坑的鬼话，可年仅十二岁的他，又能如何。
父亲不见了踪影，母亲变得越来越不稳定。坎皮恩按照父亲的方法，顺着绳子爬进蛇坑，钻进卡在洞壁上的小型飞船。他不懂得该怎样操作，胡乱按了几下，随后飞船引擎发动。幸好及时跳出，坎皮恩才没跟飞船一起坠入漆黑的深坑。
星球的夜晚变得越来越冷，坎皮恩依偎在一动不动的母亲身旁，等待着命运的来临。突然，母亲接收到一段无线电讯号，立刻清醒。方舟的登陆船着陆，一群胸口佩戴着象征太阳神索尔标志的人走了过来。
为首的队长马库斯很有礼貌，希望母亲能提供一些食物。方舟上的食物所剩无几，他们已经饿了好几天。看着他们狼吞虎咽的样子，坎皮恩好心提醒他们，把碳水果的种子挑出来，味道会更好。
来自方舟的人里有位牧师，马库斯和另一人是曾参加过战争的士兵，还有一个是不吃不喝的仿生机器人。方舟已确认了赤道另一边有块不错的土地，有意在那建立殖民地。只是那里有片磁场，阻止方舟降落。这也是几个月来，方舟都在轨道上运行的原因。
母亲当然不希望方舟降落在这边，巴不得他们赶快吃完走人。但天色已黑，外面温度降至零度以下，母亲只好安排他们住进半球形居住舱。就在这一晚，马库斯和其他人商量出了结论，必须把坎皮恩带回方舟抚养。如果那个女机器人阻止，那就由我方的战斗机器人解决。
然而，马库斯很快就知道自己错了。母亲不是一具有故障的服务型机器人，之前时常出现的过载，是因为体内“死灵”代码在觉醒。死灵机器人是由密特拉教派制造出来，用于对抗无神论者的大杀器，却失去了控制。她们飞翔于半空，眼睛扫过之处，都会成为高频炮的攻击目标。从她们口中发出的高频音波，就像飘荡在空中的死神，将地球表面毁坏得体无完肤。
抢走坎皮恩，是马库斯人生中犯得最大的战略错误。其他人被杀，马库斯被死灵丢出登陆船。母亲变化成马库斯的模样，经登陆船返回方舟，大开杀戒。在控制室下达坠毁指令时，系统显示方舟中心有养育室。母性让死灵变回了母亲，为了不伤害孩子们，她摘下双眼，确保自己没有杀伤力。然后，五个孩子乘坐着登陆船回到地面。巨大有如城市的方舟划过天空，坠毁在山中，能量泄露爆发出的光晕，久久不散。
2145年的波士顿，无神论战士卡莱布和玛丽从坠毁的直升机中救出一个医疗机器人。从机器人存储的资料来看，此前曾为一家密特拉教派的军官和家人做过医疗检查，那是被选中登上方舟的人必须经历的步骤。目前地球被死灵机器人占据，实施无差别攻击。卡莱布和玛丽便利用医疗机器人的整容功能，让自己顶替了原先的队长马库斯和他的妻子苏。
寻找通行证秘钥时，二人才知道马库斯和苏还有个儿子保罗。因奉行教义，保罗自幼被送进神学院由牧师照顾。父母与儿子之间从无交流，连一句话都没说过。在方舟前往开普勒-22b的十余年里，身体处于休眠状态，意识却保持清醒。每个人，甚至是宠物都能通过模拟系统，在虚拟世界中交流。保罗渐渐接受了这对似乎有了很大改变的父母，卡莱布和玛丽也融入到密特拉教派中，随口就能说几句信仰之辞，从此成为马库斯和苏。只是没想到，时隔十二年，又会遇上死灵机器人。
有了新增的五个孩子，建立无神国度的事业也就有了希望。母亲把“死灵”双目藏在居住舱下，配戴上战斗机械人的双眼，这样才能保证不会在无意中伤害孩子。战斗机器人体内的处理器被接到父亲体内，她需要父亲的协助。在她看来，父亲违背了任务目标才需要被关闭。如今形势不同，父亲会成为完成任务的重要支柱。
父亲出于纯理性分析认可了母亲的观点，坎皮恩见到父亲归来更是欣喜不已，但内心对母亲的畏惧正转化为愤怒，要暗中想办法解除母亲的武装。来自方舟的五个孩子薇塔、霍莉、坦佩斯特、保罗、亨特，面对和蔼可亲的母亲同样是小心谨慎，表面恭顺，背后不满，尤其是母亲还收走了他们的太阳神坠饰。
亨特是年纪最大的孩子，父亲又是密特拉教派的高级神官，对其他孩子有着无形的控制权。他强行命令保罗把心爱的宠物小白鼠送给坎皮恩，有意拉拢。毫无心机的坎皮恩无法了解人类之间的复杂关系，亨特利用这种单纯的好感影响着坎皮恩，让坎皮恩相信是母亲的死灵本性杀死了他的兄弟姐妹。
母亲不喜欢坎皮恩的做法，小白鼠还是还给了保罗。在之后的生活中，亨特处处显得高人一等，不事劳作。而没有了密特拉教派的特权，众人开始对亨特的指手画脚产生反感。不再视其为理所当然的领导人，反而更倾向于天真无邪的坎皮恩。
母亲看出坦佩斯特怀有身孕，特地将她安排在居住舱单独居住，也不用农田劳作，只需要打扫房间即可。但坦佩斯特并不喜欢被母亲视为礼物的腹中胎儿，那是在休眠舱中，被某个神职人员玷污的结果。母亲的大肆杀戮，无意中帮坦佩斯特雪耻。所以从某个方面来说，坦佩斯特很感激母亲，对母亲的抵触也是最少的。她听取了母亲的建议，不再去伤害腹内无辜的孩子。
就在方舟坠毁后没几天，原本宁静的夜晚突然多出几声嘶吼。形似食尸鬼的生物袭击营地，母亲想取出“死灵”双眼，却发现被人取走。父亲一愣，立刻知道是坎皮恩所为。他一反平时温和的态度，怒目圆睁，抓着坎皮恩的双臂喝问双目下落。“死灵”双目从坎皮恩口袋中掉了出来，父亲抓在手里丢给母亲。母亲变换成“死灵”飞上半空，一只只食尸鬼在她的吼声中化为肉浆。营地暂时安全了，可母亲和父亲都想不明白，这些凶残的生物为何会在十二年后出现。
昨晚袭击营地的食尸鬼已被炸成肉末，亨特和坎皮恩根本不相信营地外有其他生物，他们更愿意相信又是母亲编造出来的谎言，目的就是防止他们逃跑。就像是为了证实他们的想法，坦佩斯特出现了咳嗽、吐血症状。当年，初代孩子们也是先咳嗽，然后变得越来越虚弱，直至死亡。连母亲自己都开始怀疑自己，或许真的是“死灵”在无意识间杀害孩子，除了她最疼爱的坎皮恩。
与此同时，被母亲丢在荒野的托马斯靠着蛇坑从地心冒出的热量，勉强挨过了寒冷的夜晚。次日，昏迷的托马斯被搜救队找到，带回了方舟坠毁地。方舟仅剩残骸，幸存者在神官的指挥下，收集剩余物质，并搜寻更多幸存者。托马斯一睁眼就看到了苏，心中一宽，可马上又想到了保罗。所幸方舟孩子们的身上都植有定位器，苏知道他们被恶灵机器人关在了某地，只是生死未知。
神官并不认为无神论者有能力修改“死灵”的代码，让她变成一个看护型机器人。可不久前发生的事实，又无法解释。出于个人的考虑，神官拒绝了托马斯带队营救孩子的请求，仍把重点放在休整上。
托马斯无奈，把目光转向了方舟坠毁的山谷。出于多年当兵经验，他带人调查山上的裂缝。方舟撞击造成山体开裂，才出现这条仅可供一人通过的裂缝。托马斯深入洞中，里面没有东西，但有股恶臭。应当是有生物穴居于此，山体开裂后从裂缝逃走。还没等再深入探查，天空中又传来“死灵”恐怖的低吼。托马斯不及多想，命所有人钻入裂缝躲避。慌乱中，最前方人员一脚踏空跌入蛇坑。
裂缝地洞尽头是深不见底的蛇坑，被困在地洞中的神官面色如土，令身边的服务机器人出去引开“死灵”。虽说徒劳无功，但两只多功能维生素从母亲的小袋中掉落。待死灵离开后，苏捡起多功能维生素，确认孩子们仍活着。
母亲来到方舟残骸，是想寻此药品救治坦佩斯特。但当她回到营地，却见谷仓门大开，孩子们不见了踪影。原来就在刚才，坎皮恩趁母亲离开，把父亲骗进谷仓困住，伙同亨特带领其他孩子们逃向方舟坠毁地点。
父亲撞开谷仓门，跑进登陆船。船上的仪器显示出了孩子们方位，父亲立刻摘了些碳水果放进燃料舱。登陆船自动对加入的物质进行分析，然后分解成为能量。可父亲惊讶的发现，仪器显示碳水果的种子有微量辐射。难怪每次吃饭都不厌其烦挑出种子的坎皮恩能存活下来，这是有原因的，原因却不在母亲身上。
知道原由后，母亲欣喜之余更加担心孩子们的安危。仪器显示，保罗与其他孩子们不在一起。母亲叫父亲驾驶登陆船去接孩子们，她自己去找保罗。在深山中又饿又累的孩子们被接回了营地，坎皮恩亲自检测碳水果，果然如父亲所说。他此刻真想对母亲说声抱歉，可头顶传来嘶吼声，又一只食尸鬼趴在登陆船上，恶狠狠盯着坎皮恩。母亲没有撒谎，外面真的有危险。坎皮恩当场愣住，不知所措。父亲勇敢的扑过来，拦腰抱起食尸鬼不放。父子二人合力将食尸鬼关进谷仓，这下，终于可以向亨特证明，母亲和父亲没有说谎。
而保罗为了寻找跑丢的小白鼠，在森林中落了单。他呼喊着同伴的名字，在昏暗的森林中摸索前进。突然，他听到一阵笑声，山石上一个人影一闪而过。从身形上看，像是薇塔，保罗不顾一切的跑了过去，却觉得脚下一空，掉进了陷阱之中。
森林里散落着从方舟掉落的零件，一台休眠舱坠落在此，里面神官的尸体像是被什么动物啃食过。休眠舱后面的模拟器仍在运作，母亲还没细看，就听到不远处传来呼救声。保罗正急速坠落，几乎能感觉到蛇坑下岩浆的炙热。母亲从天而降，将他抱入怀中。只说了一句“睡觉吧”，保罗像接受了母亲的指令，安然睡去。
母亲抱着保罗回到营地，进入孩子们的房间前，还不忘警告他们闭上双眼，不要直视处于武器化的自己。这一次可以说有惊无险，但母亲首先惊讶于自己更多能力在觉醒，其次不满于父亲没有尽到照顾孩子的责任。
保罗的小白鼠落入了蛇坑，坎皮恩还是第一次听说人死后会与进入天堂永生，动物的死亡则是永恒。他不禁想到了曾经的小伙伴，他们又会在哪。心情沉重的走出石屋，看到父亲正用刀削尖木棍。父亲在制作长矛，准备杀死谷仓的食尸鬼。这样就能获取肉，让不能食用碳水果，饿了几天的其他孩子们补充营养和蛋白质。
动物死亡是永恒的，这句话深深影响了坎皮恩。他请求父亲不要杀死食尸鬼，可以试着寻找别的食物。在坎皮恩的坚持下，父亲和他到距离营地更远的地方搜索。绝大多植物都被父亲初步鉴定为不可食用，好不容易从树上摘到营养丰富的果实，可通过登陆舱的精确检测，含有微量氰化物。最后的努力也失败了，那头曾要捕食坎皮恩的食尸鬼命运已注定。
父亲与坎皮恩外出寻找食物的时候，母亲在被改造成实验室的居住舱内，熔化了孩子们的太阳神坠饰，制成手术刀。让孩子们熟睡后，母亲从他们的脚跟处取出定位器，再用自身能量帮助伤口快速愈合。随后，母亲飞上半空，将五枚定位器远远丢进深山峡谷。
回到营地后，母亲还有一项工作，修复子宫袋。最初，飞船里有十二个胚胎。初代孩子诞生后，母亲将重心放在抚养孩子身上，孵化工作暂停。谁知两个淘气的孩子打开了保存在居住舱内的孵化箱，坎皮恩安慰他们那只是融化的雪球，还替他们在母亲面前承担了责任。从那时开始，母亲便知道，坎皮恩是个特殊的孩子。
坦佩斯特希望用子宫袋代孕，母亲有感于她内心的矛盾与痛苦，答应尝试修复合成子宫袋。寻找替代食物失败的父亲回来，反对母亲干扰自然规律的行为。只是在这件事上，他没有决定权，他能做出决定的就是让坎皮恩亲手杀死食尸鬼，以适应将来的生活。否则，不适当的同情心，只会害死他自己和同伴。
所有孩子被叫到谷仓前，饥饿折磨着他们，信仰又在困扰着他们。母亲不便干涉父亲的决定，索性外出搜寻零件。军人家庭出身的霍莉最先拿起长矛，只刺了一下，就被食尸鬼的惨叫和四溅的血液吓得落荒而逃。其他孩子们一哄而散，丢下恼怒的父亲。
此时，距离营地几百公里临时驻扎地内，马库斯在劝说神官有所作为。马库斯不信奉太阳神，也不熟悉经文。但这并不妨碍他利用信仰，强迫神官同意营救被死灵机器人抚养的密特拉孩子们。一行人走出深山，踏入沙漠。神官趾高气扬坐在四人抬的轿子上，旁边跟随着他的守护机器人，后边跟着神职牧师们，最后是负责搬运物资的士兵们。身为久经沙场的战士，马库斯却要抬着神官前行，心里是一万个不乐意，可又不能表现出抵触这份荣耀的神情。
一块巨大的五角立方体石块出现在面前，外形均匀对称，如小山般大小，很明显是文明遗迹。神官大喜，从轿上下来，轻抚着巨石。先知预言中提到过，这是圣地神殿，太阳神索尔将密特拉神秘教义的答案藏于此地。双手能感受到巨石发出温热，更让一行人坚信这是太阳神散发出的力量。苏偷偷拍了拍马库斯，示意他要像其他人一样跪拜，这一幕落在了神官的眼中。
巨石除了一个半尺宽的孔洞，没有其他可供人进出的入口。神官下令打开巨石，取得教义后才能离开。马库斯被迫与其他士兵一起，手工挖掘巨石。同时，神官让队里唯一的医官苏查看一下他受伤的手臂。他嘴里念叨着祈祷样的词语，苏不解其意，只当是经文随口敷衍了几句。
几小时过去了，凿石进度几乎为零。太阳落下，温度急剧下降，众人只能裹上毯子，靠在在巨石上取暖。马库斯突然感觉头痛欲裂，脑袋里嗡嗡作响，难以忍受。神官想都没想，就认定马库斯的心智已被死灵污染，举枪要射杀。幸亏有士兵从马库斯的太阳穴位置找到一只蠼螋，是地球上的寄生虫。清醒后的马库斯明白，是神官在搞鬼。神官的计划失败，苏则紧盯着神官的守护机器人。见她拔出枪，立刻还击。子弹射穿了守护机器人的脑袋，一枚蠼螋传送器从她手中掉了出来。
天亮后，马库斯从机器人体内回收电池，这是他在战争中学到的技巧之一。苏也从其他士兵那里打听到，昨天神官念叨的词语不是经文，而是密特拉教的儿歌，所有密特拉的儿童都熟悉。马库斯和苏恍然大悟，他们二人时常对抗神官的命令招致怀疑。神官用一首儿歌确认苏和马库斯是内奸，碍于需要苏的医术，便只对马库斯下手。看来必须除掉神官，但如何达到目的又不曝露身份，是个很棘手的问题。
又是徒劳无功的一天，夜晚的温度比昨晚更低，而巨石却不再发出热量。平时养尊处优的神官哪受得这种苦，竟下令用炸药炸开被视为圣殿的巨石。马库斯严辞拒绝，并喝斥神官背叛信仰，在太阳神的考验面前退缩。
不管怎么说，起码这几天的口粮有了。面对桌上那盘肉，亨特最先尝了一口，感觉很像猪肉。其他孩子放下顾虑，纷纷大嚼特嚼，只有坦佩斯特无法完全接受这盘曾经孕育过另一条生命的食物。
在母亲看来，坦佩斯特昨晚能活下来，全靠侥幸。她责怪父亲擅离职守，险些危及坦佩斯特和她腹中的孩子。父亲无法解释昨晚看到的东西，但更不喜欢被母亲说成能力不足。为了体现出在家庭中的重要性，父亲开始教授孩子们使用投石索。外出狩猎时，大家分开一定距离搜寻。保罗和坎皮恩最先听到蛇坑内有低吼，探头看到一只食尸鬼攀爬在光滑阴暗的洞壁上，采食从岩石裂缝中长出的苔藓菌丝。保罗甩出一块石头，正中食尸鬼。食尸鬼逃走，坎皮恩则注意到它食用的菌丝。在保罗的帮助下，坎皮恩冒险从洞壁上采了点。二人约定，绝不能说出去，不能让母亲再责怪父亲看护不利。
白天没见到一只食尸鬼，父亲觉得食尸鬼可能是昼伏夜出的生物。母亲化身死灵飞上半空，巡视周边是否有食尸鬼活动迹象。飞入树林后，她也听到笑声，塔莉正仰头微笑。母亲落到地面，循声追过去。在笑声消失的地方，有台休眠舱，舱里放着塔莉最爱的玩具，树枝人。对女儿的思念，让母亲毅然躺进舱内，接上模拟器，开启了一段被深藏的记忆。
那是地球战场，一个死灵机器人被击落。击落它的人叫坎皮恩，家境富裕，受过良好教育。可他抨击腐败的密特拉教，凭借所学知识成为最厉害的黑客，为无神论者提供信息。当时，战争造成大量放射性尘埃，含氧量降低，已不适宜人类居住。有钱人都乘坐方舟离开地球，坎皮恩却留了下来，改造死灵机器人。
坎皮恩是密特拉教头号通缉犯，失去双眼的死灵就算手脚被缚，也挣扎着要执行杀死指令。坎皮恩修改代码，死灵的敌意逐渐减弱。只是听到某些特定词汇，比如“无神论者”时，仍会下意识的出手。坎皮恩开发出情感系统，死灵有了母爱变成了母亲，同时也对自己的创造者坎皮恩产生眷恋。
坎皮恩将双眼还给母亲时，就是最后一次测试。母亲没有杀死坎皮恩，但听到将离开坎皮恩，与另一个服务型机器人乘坐小型飞船前往开普勒-22b行星建造无神论国度时，她不知为什么，感觉到无法形容的痛楚。坎皮恩把这段记忆藏到了最深处，母亲这才平静的登上飞船。多年后，飞船着陆，“坎皮恩”这个熟悉又陌生的名字仍牢牢镶嵌在她的脑海中。
一种莫名危机感把母亲从模拟器中唤醒，母亲马上飞回营地，果然发现倒在居住舱里的坦佩斯特。坦佩斯特忍受不了内心的煎熬，服下有毒果实自尽。母亲急忙催吐，但是身体能救治，又如何去拯救已死去的心灵。
沙漠中，一场权力争夺战正在进行。按密特拉教的规矩，上级神官去世，应由下一级的神职人员继任。可士兵们对马库斯佩服得五体投地，率先单膝下跪效忠。另外几名牧师无奈，只得将领导权交出。
马库斯要做的第一件事就是营救保罗等人，苏定位到孩子们的方位距此地有两天的路程。沿着定位器指示的方向，一行人走了一天。翻过一处沙丘，见到山丘下又有一处残骸，是方舟下甲板的坠落地。士兵们排成搜索队形进入甲板残骸，马库斯主要是寻找推进系统的主电池。有了它，就能对付死灵机器人。
主电池很顺利的找到，待要深入搜索，马库斯忽然听到外面传来殴打声。他急忙跑出去，看到保护牧师的士兵们对躺在地上的一个人拳打脚踢，恨不能置其于死地。马库斯上前喝止，问过牧师才知道地上这是名囚犯。这名前牧师在其他人休眠期间强奸多名女性，审判时，他辩称听到了太阳神索尔的声音，命他繁衍子嗣。尽管如此，他仍被判死刑。抵达开普勒-22b行星后，当众执行。在行刑前，他的整个脑袋都罩在水桶般的头盔内，由枷锁机器人看管。任何轻举妄动，脑袋都会被挤碎。没想到方舟坠毁死了那么多人，这个人渣却能幸存，一直被枷锁关押在这里。
士兵们当然有充分的理由替天行道，不过马库斯有个更好的理由让囚犯活下来，当遇到死灵机器人时，可由囚犯举着主电池当炮灰。夜晚，甲板舱里有足够的房间可供休息，不会被寒冷侵袭。可囚犯喃喃自语，向太阳神索尔祷告，让马库斯难以入睡。在圣地神殿前，他也听到了一个声音，命他杀死神官。马库斯照办了，神官也死了。但这到底是索尔的旨意，还是自己的杀戮之心？那个声音以后会不会再要自己杀人，万一要杀的人是苏呢？有那么一瞬间，马库斯仿佛看到自己戴着水桶头盔，成为阶下囚。
第二天，马库斯率队，带上囚犯继续进发。旅程的尽头是间依傍巨蟒蛇骨建造的石屋，信号正是来自那里。囚犯举着主电池走在最前面，其他人跟随在后鱼贯而入。屋里设置了几个简单的机关，除此之外，没有其他威胁。五枚信号发射器就挂在房梁上，苏不明白，谁会这么做。
马库斯和苏在岩石后观察数日，发现保罗并不像想象中那样被死灵机器人囚禁。相反，保罗和其他孩子经常一起嬉戏打闹，这在13年的方舟旅途中是很少见的。苏心里总是在担心，是否要将真相告诉保罗。马库斯倾向于说出真相，那无异于从父母变成杀死父母的仇人，苏难以接受这样的角色转换。而马库斯此时更关心的是，死灵每天飞进山里几小时，到底是在做什么。既然没办法打败死灵，那就查清楚这个秘密。
营救小队返回蛇屋，稍作休整之后，马库斯带领所有人进入山区，顺着死灵每天飞去的方向搜索。说实在的，马库斯有些享受被人敬仰的感觉。只是死灵一天不除，他就不会安全。搜索大半天，苏在树林中找到了一具休眠舱和舱后模拟器。从记录上看，死灵每天来此，时间至少两小时以上。虽说不知道死灵的目的，但接入模拟器后，死灵所有运算处理能力都会耗用在模拟上，听不见也看不见，到时便是下手的绝佳机会。
每天去模拟器与创造者坎皮恩相见，成了母亲重要的精神支柱。就像美梦一样，让人神清气爽。孩子们也在逐渐适应现在的生活，保罗还利用韧性十足的植物制作出陷阱，其威力之大，足以夹断触发陷阱的木棍。这样一来，就不需要亲自外出冒险打猎。作为好朋友，坎皮恩很不满。他认为生物都有灵魂，包括食尸鬼，不应当随意破坏。可保罗已经厌倦了那些营养丰富，却没什么滋味的菌丝。肉的香味，总能让人充满食欲。
母亲心情愉悦，哼着坎皮恩生前最喜欢的歌，在居住舱制作草药。居住舱壁上画满了塔莉的涂鸦，都是以前的生活场景。可母亲突然发现，有一个新的涂鸦，潦潦几笔画了一艘飞船，飞船旁有两个相拥的小人。母亲大惊，以为被父亲跟踪，否则不可能有人知道此事。
父亲否认，态度很诚恳。母亲化为死灵飞入树林，再次接入模拟器。她终于明白，模拟器中的坎皮恩很可能是病毒，而且自己已被病毒影响。但不知为什么她喜欢这种感觉，就算明知是病毒，也愿意沉浸其中。
躲在山石后的马库斯等的就是这个时候。他把人手分成两队，一队由苏带领赶往营地等候消息，剩下的人包围休眠舱，准备炸毁死灵。安置好炸药后，囚犯在枷锁的押送下，举着主电池对准休眠舱里的母亲。主电池镜面散射出的光子能中和死灵机器人的暗中子，防止母亲变身。因此，当母亲意识到危险，脱离模拟器后，在囚犯面前仍无法动弹。
可坎皮恩对母亲的改造实在是太精妙，即便手脚不能动，身上发出的低频震波也能将囚犯手中的主电池震碎。没有了散射光子干扰，母亲化身死灵腾空而起。一块块山石漂浮起来，密特拉教的士兵失去了掩护。山石随后爆炸，碎石四射，很多人躲避不及，非死即伤。
此刻，苏早已等得不耐烦。马库斯那边通讯中断，最坏的设想就是已被死灵全歼。没有马库斯的命令，其他人不会行动。苏管不了那么多，从岩石背后冲出，其他人只得跟随其后。她的目标只有保罗，在谷仓里找到保罗，便拉起儿子的手逃向山中。其他士兵对营地展开进攻，父亲指挥孩子们逃进登陆舱，独自一人对付袭击者。借着对地形的熟悉，父亲打倒一名士兵，缴获枪支，藏身谷仓顶狙杀袭击者。哪知亨特使用登陆舱上的通讯器，向士兵揭发父亲的方位，导致父亲多处中弹倒地。
死灵从天而降，挽回战局。而躲进树林的苏和保罗，遇到了亡命狂奔的马库斯。苏想马上离开这里，前往赤道另一边的热带区。但马库斯另有打算，他要利用保罗夺走死灵双目。没了双目，母亲就只是个普通仿生人而已。对此，苏坚决反对，怎奈保罗自愿返回营地。
居住舱里，孩子们围坐在四周，母亲在屋中间为父亲取出身上的子弹。保罗进来，谎称听到枪声就躲了起来。见大家没有起疑，他慢慢走向母亲身后，掏出马库斯给他的小刀，以最快速度割断母亲脖颈上的绳子，紧抓在手里逃出屋外。
绳子上的小包里有死灵双目，母亲大喊着保罗的名字，在后面奋力追赶。然而马库斯从山石后闪身出来，一把利斧重重砍在母亲胸口。白色电子浆液喷涌而出，母亲无力的倒在地上，难以致信的看着她曾救过一命的保罗。马库斯举起利斧正想砍下去，可脑海里又传出那个声音，不能杀死死灵。见马库斯轻轻放下了斧子，苏紧紧抱着保罗。对她来说，马库斯可能比死灵更可怕。能利用12岁孩子作战的人，跟那些训练儿童打仗的无神论混账有什么区别。
坎皮恩奔出居住舱，想保护母亲。可他人单力薄，哪是士兵们的对手，被关进谷仓。曾几何时，他羡慕过宗教，还想过象他们那样祈祷。如今，在他眼里，那些都是虚伪的谎言。母亲在另一间谷仓，五花大绑，吊在房梁上。父亲则被马库斯重新编制程序，变成完完全全的服务型机器人。因他的左手食指电路受损，不停颤动，被士兵们取名“扳机指”。
那个声音曾告诉马库斯，死灵必须活下来。这个星球上最强大的武器，拥有它，不仅能控制所有人，也不用担心以后从地球而来的方舟二号、方舟三号。只有死灵存在，他才能成为新世界之王。然而母亲从第一次见到马库斯，就认出他曾是无神论军中的儿童兵，只知破坏不懂建设，更不懂得亲情。这让马库斯很矛盾，留也不是，不留也不是。
次日，牺牲士兵的尸体被火化。营地中响起牧师们的祈祷声，除了坦佩斯特，其他孩子胸前再次佩戴起太阳神挂坠。保罗在一块空地上，用小石子搭建起梦中密特拉圣城的模型。牧师们大喜，先知的《五角预言》中提到过，在荒芜之地有位孤儿将成为新的先知。但保罗不是孤儿，也许以前的圣者误读了预言，牧师们只能这样解释。马库斯和苏听在耳中，不敢出声。
保罗的陷阱很有效率，食物方面暂时不用担心。大部分人的精力放在了建设上，在保罗搭建模型的空地之上，一座教堂逐渐成形。按教义，坎皮恩没有受洗，教众不能与之交谈。但坦佩斯特偷偷靠近谷仓，通过气窗提醒坎皮恩，务必接受洗礼，说些牧师们想听的话，才能活下去。
几天后，坎皮恩的洗礼在教堂举行。保罗激动的去叫父亲，却被心神不宁的马库斯推倒在地。保罗有些委屈，起身拍了拍身上的土，独自跑向教堂。坎皮恩被押进教堂，看着保罗和坦佩斯特殷切的目光，他的确想过读出圣词，成为一名教徒。当他看到简易的神坛下，垫着以前兄弟姐妹的墓碑，他愤怒了。
坎皮恩推开牧师，刚跑出教堂就被“扳机指”一把抓住，丢进谷仓。父亲不再是以前那个父亲，失去了独立思维，只是个听从命令的机器人。此时，马库斯已做出决定，除掉母亲。在飘着雪花的深夜，坦佩斯特看到马库斯走向树林，扳机指跟在后面，拖着一架旱橇，母亲就躺在上面。坦佩斯特很想跟上去，只是树林中闪动的食尸鬼身影，让她望而却步。
来到蛇坑前，扳机指奉命推下旱橇。可代码深处并没有忘记自己的身份，他左手紧紧抓住绳子一头，母亲解脱出来，顺着绳子爬出蛇坑。马库斯神情呆滞的站在一旁，无视这一切的发生。因为在他的大脑里，正做着激烈的思想斗争。
母亲消失在夜色中，扳机指抱着受伤的马库斯回到营地。苏不明白是谁伤了马库斯，只有马库斯自己知道，这是另一个意识对自己的惩罚，那个来自索尔的意识。他不得不向苏坦白，《五角预言》中的孤儿不是指保罗，更不是指坎皮恩，而是他——卡莱布。
保罗发现自己的宠物小白鼠回来了，这让他非常高兴，只是他有些搞不明白小白鼠是如何从深坑里爬出来的。亨特则注意到父亲不停颤动的手指，因为他对电子技术方面有一定的了解，因而猜测父亲可能是在表达某种意识，随后他按照摩斯电码进行了破译，发现父亲做出的手势是密特拉教的一句口头禅，意为“索尔之神光”，亨特感到彻底失望，那个曾经不顾一切保护孩子们的父亲远离了他们，成为了替马库斯服务的机器人。
保罗非常关心被囚禁在谷仓里的坎皮恩，于是经常从气窗里送一些菌丝给他，这些吃的足够坎皮恩坚持活下去。苏对马库斯的态度发生了根本的转变，她亲眼看到马库斯在教堂里祈祷，马库斯的转变让她深感不安，未来会怎样她更是不得而知，二人渐行渐远，苏不想再因为马库斯的事情而困扰，想离开这里寻找别的生活之地，恰好保罗也正有这个打算，他将苏的无线电耳机交给了坎皮恩，提醒他用谷仓里那具食尸鬼的利爪挖隧道逃跑。
马库斯似乎有感知，他猜透了苏和保罗的小心思，不顾保罗的劝阻哭闹将苏关进了另外一间谷仓，马库斯有些专制行为，已经引起了内部不安，为了掩饰自己的暴行，马库斯领着牧师一起向太阳神索尔祈祷，称苏就是一个迷途羔羊，要用神的力量来让她迷途知返。马库斯的行为能骗得了别人，却迷惑不了保罗的双眼。深夜，保罗得知坎皮恩马上就能逃出谷仓后，也开始了行动，坎皮恩放火烧了教堂，然后快速逃进了树林。在大家忙着救火的时候，保罗悄悄地靠近了谷仓去救苏，却碰到了霍莉和薇塔，她们也无法忍受密特拉教派的那一套了，提出愿意帮忙保罗救出苏，三人合力将苏救了出来，苏带着三个孩子冲进登陆舱，却发现爬升部件已经被拆走，这可能是马库斯的又一个后招，无奈之下，苏只好带着三个孩子去树林里找坎皮恩。
母亲逃跑之后，她开始寻找着自救的方法，她步履蹒跚来到方舟坠毁地，母亲感觉到了体内能量的流失，同时还伴有一种不明的痛楚在腹内形成，这种痛苦是她从未体验过的，母亲急需要方舟里的生命技术机器人提供帮助。生命技术机器人卡尔能治疗人类、仿生人，甚至对植物也了如指掌，可它对母亲腹内出现的块状物却一无所知，只能将其定义为硅肿瘤，这个肿瘤在吸收母亲体内的电子浆液，当母亲按照卡尔的建议尝试摘除肿瘤时，看护程序却一次又一次地改写指令，来阻止她的这种行为。
死灵机器人的暗光子技术是密特拉教照搬经书中的公式开发而成，所以没有人能真正理解其中的概念，生命技术机器人卡尔也无能为力。那块硅肿瘤在不断吸取电子浆液，母亲要想恢复力量，唯有灌注更多浆液才行，可是无论吸取多少仿生机器人的电子浆液，母亲仍难以抑制饥渴。于是，母亲拔下输液管，像野兽一般啃食机器人，却还是无济于事。这时，一只食尸鬼闯了进来，因为失去了死灵双目，母亲现在只是一个普通机器人，在被食尸鬼扑倒之后，母亲用手中的机器人零件用力地捅进了食尸鬼体内，鲜血瞬间流淌出来，这种血腥味刺激了母亲的感官，让她有了新的体验，没想到鲜血会如此吸引自己。
食尸鬼的鲜血通过输液管输入体内，肿瘤表现出的渴望让母亲吃惊不已，莫非肿瘤中包含了生命基础的碳基成分，卡尔也无法解释，创造者坎皮恩编写的程序在极力保护着肿瘤，母亲认为答案只有去模拟系统向坎皮恩咨询。在残骸中，母亲意外发现了躲在角落里的坦佩斯特，坦佩斯特是沿着母亲滴落的电子浆液找到这里来的，母亲虽然感动，但以她现在对血液的饥渴，坦佩斯特留下来会有危险，母亲责令她赶紧离开这里。随后，母亲终于找到一台休眠舱并进入了模拟系统，坎皮恩向她解释道，所谓的肿瘤是坎皮恩植入她体内的胚胎，之前母亲和父亲所做的六枚冷冻胚胎抚养孩子只是一次练习，这个胚胎才是她所执行任务的核心，也是人类的希望。虽然解开了谜团，但是母亲却不想要这样的胚胎，她终于能够理解坦佩斯特所经历的痛苦了。
坦佩斯特知道母亲的好意，可是她无处可去，只好蜷缩在背风处捱过这凄冷的夜晚，第二天一早，她就在残骸里寻找补给来填饱肚子，这时，她听到了熟悉的祷告声，那个欺负她的囚犯就在不远处背着背包游荡着，而他的祷告声佩斯特永远都不会忘记，气愤不已的坦佩斯特直接拿着手中的铁棍就冲向了囚犯，母亲见状急忙喝止了她。当初马库斯在抓捕母亲的过程中，枷锁机器人被毁损，囚犯却幸存下来，他把机器人的头颅截了下来背在了身后，这样他就不会因为距离超过十英尺而触发头盔压缩致死了。
母亲之所以阻止坦佩斯特去报仇，她有新的用途，是想把囚犯当成自己的血袋，这样在他死前也能做一点贡献，可以用来喂养创造者的胚胎。母亲牵着囚犯和坦佩斯特向前进发了，经过一个山谷时，她们看到谷底有金属的反光，在谷底年，她们发现岩石上挂着几个金属牌，上面刻画着一些奇怪的标记。坦佩斯特认出是地球上邪教所用的塔罗牌，母亲察觉到附近有人，急忙和坦佩斯特躲了起来。这时，坎皮恩和苏等人走了过来，坎皮恩兴奋地奔向了母亲，其他孩子也围着坦佩斯特问长问短，只有苏拔枪瞄准了母亲，把她视为危险目标。
母亲在方舟里的暴行让她记忆犹新，但她没有想到的是，包括保罗在内的孩子们奋不顾身地挡在母亲身前，不允许她伤害母亲。苏这才看到，有一根长长的输液管连在母亲隆起的腹部和囚犯的头盔上，她震惊无比，难道仿生人还可以怀孕吗？另一边，自从苏和保罗离开后，马库斯就再也没有听到太阳神索尔的声音，他把怒火迁移到父亲身上，一刀切断了父亲不停颤抖的食指，命令他马上给登陆舱装上食物补给，父亲听命行事。突然，亨特发现父亲的全息屏幕被自动激活了，他以为是因为截肢所造成的故障，对于他而言，修理并不困难，亨特却灵光一现地选择了重置所有程序，而底层密码正是父亲用手指提示的那句摩斯密码，“索尔是神光”。重置后的父亲又成为了那个兢兢业业还不时讲些无趣笑话的父亲，亨特大喜过望，不过此事绝不能让马库斯察觉，父亲必须要装出一副木讷、惟命是从的模样，这样他们才可以寻找逃走的机会。
马库斯使用登陆舱，并不是要去寻找那些逃跑的孩子们，他是想前往沙漠中的五角神殿，向索尔乞求找回孩子的办法。马库斯跪在神殿前祈祷良久，却没有得到回应，他先是被苏和保罗抛弃，现在又被太阳神抛弃，马库斯又把怨气迁怒于亨特，指责他早就知晓孩子们的逃跑计划，却没有向自己报告。马库斯将手中的木棍塞进了神殿石壁上那个只有手臂粗的孔洞，里面的高温瞬间将木棍变成了木炭，亨特要想证明自己清白，就必须把手臂伸进孔洞内，马库斯想借此证明自己还是太阳神的使者，不顾亨特的求饶直接将他的手臂塞了进去，结果却出人意料，亨特的手臂安然无恙地被抽了出来。